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1985年，他结束了在国外的学习，回到学校。
首先面临的是继续留在教研室教书，还是去教务处任副处长的选择。他很自信：认为去学校从事教学管理，不是没有能力，但如果能再多搞几年教学，搞出点名堂再走会好些。王加璇院长没有给他时间，这年的3月，他走上教务处副处长的工作岗位，沈有昌时任教务处处长。9月，沈有昌提升为副院长后，王仁洲被任命为教务处处长。
当年，在国内部分高校开始恢复学分制的大环境下、在我校进行了几年学生按成绩分为abc班等教育改革的基础上，再加上学校部分在海外求学教师的回归，校内不少教师对学分制实施的呼吁也在日渐强烈。当时，曾闻问还就此用调侃的口吻问过院长王加璇：“你说，现在高校恢复学分制，究竟算是创新？还是复旧？”王加璇有点苦笑地作答：“你管他什么名义？有助于学生培养就好。”于是，学校审时度势、水到渠成，积极决策了这个重大的选择：在我校开始实施学分制。而主抓教学管理的王仁洲，无疑将为此项工作的推动，去具体制定和实施许多细则与措施。
学分制在欧美国家实行多年，经过100多年的发展，我国高校率先由北京大学试行。
学分制是与学年制对应的教学管理制度。学年制，以学年为计量单位，衡量学生学业完成情况的教学管理制度。
学分制，则是把规定的毕业最低总学分，作为衡量学生学习量和毕业标准的一种教学管理制度。学分制的好处在于充分体现了“以人为本”的教育思想，尊重学生选课、选教师、选修学计划的自由，有利于培养学生的个性，充分发挥各自的潜能。但对初入大学的新生，如何选择合适的课程，是个挑战。
在学分制教学体制下，学校就像一个教育大超市，里面的“课程商品”琳琅满目，学生是顾客，是上帝。上什么课，自己选；想听哪位老师的课，自己挑；什么时候上课和做实验，自己定。颠覆了传统的应试教学，让学生实现选我所爱，爱我所选。优秀学生可以用短时间修习完本科课程，提前进入研究性学习和个性化学习阶段；学习能力稍差的学生，则可以利用相对长的时间打牢基础，具备一定的就业能力之后，再走向社会就业。
当然，这是理想化的状态，具体的实施，会碰到许多的实际问题。因此，在王仁洲组织实施学分制改革的研讨大会上，有的老师当场提出反对意见：“我们学习苏联的学年制，已经形成了成熟的机制，也培养了大批人才，为什么要改？”王仁洲没有放弃，他认真详尽地对大家解释了实施学分制的重要目的在于：鼓励优秀学生努力学习，提前毕业，节约教育成本……
最终，我校成为较早改变学年制的高校，至今沿用着学分制的培养模式。
接着，在深化教学改革中，他组织各专业在进行教学文件建设的基础上，总结历年来教学管理经验，结合学校实际，学习国外教学管理之长，配合重点课程建设，完成了“一类课程”的评定。对全院课程建设与教学改革，起到了很大的促进作用。
此外，他主持出版了《华北电力学院教学一览》，使之成为教学管理及学籍管理的依据。
还有，他积极协助院领导，主持了职称改革工作，完成了12个系列、近千人次技术人员的职称评审及聘任工作，顺利完成副教授审定权下放的试点工作。
在组织了优秀教学成果评审工作后，他积极组织各系参加河北省优秀教学成果评奖活动，积极组织广大教师参与学院改革及教学改革思路的讨论。
王仁洲原则性较强，无论在教学管理、还是在职称评定中，都有充分体现。无论面对谁的条子和面子，他都坚持一个态度：既然我在这个岗位上，就应该承担起责任。
王仁洲还很能吃苦，性格坚韧，这点突出地表现在他的科研工作上。
他的国家自然科学基金项目“二轴励磁同步发电机励磁及稳定控制”“三峡工程项目”“马头电厂3号励磁系统改造及研制新型微机励磁调节器”等研究成果，在《中国电机工程学报》《华北电力学院学报》上，陆续发表了《考虑系统非线性发电机最优励磁控制》《非线性通过移相器控制提高电力系统暂态稳定性》《多级电力系统稳定的综合最佳控制》《二轴励磁同步发电机的政策运行解析及拐点研究》《三峡电力系统发电机参数辨识优化励磁及调整控制研究》等论文，并多次在中国电机工程年会及英国vpec年会上发表论文。还公开发表了诸如《加强重点课程建设 提高本科教学质量》《更新观念调整方案 积极培育工程硕士》等有关教学管理的论文。
就他的研究成果，杨以涵教授评价：找到了二轴机的各种lyapunov函数（里雅普诺夫函数是研究控制系统稳定性的重要工具），为发展二轴机的稳定控制问题打下基础……我认为，在二轴系统中及用lyapunov法进行稳定评价领域内，王仁洲同志已经取得了国内领先地位。
原总工王平泽评价：用网流直流法计算电力系统潮流，可适用于在线安全校核，有实用价值。王仁洲的文章提出于1981年，5年来在线安全校核更被广泛重视，而核心问题依是快速潮流计算。因此，本文选题至今更有意义。
石永海则认为：“二周励磁同步发电机励磁及稳定控制”课题，是对当今世界解决安全供电、对庞大电力系统进行有效稳定控制的新课题。
刘国庆的观点是：“电力系统环路导纳矩阵的形成”，解决了电环路阻抗矩阵求递形成环路导纳矩阵，并追加支路对电力系统安全分析计算的要求很适应，方法选用得当，为在线快速计算奠定基础。
从乡村走来，一向以劳动为荣的王仁洲，对党饱含着朴素的情感。他早在1958年就向党组织递交了第一份入党申请书，1973年他又第二次申请。1987年9月20日，他结束了一年的预备期，光荣地在党旗前举起了拳头宣誓。他在转正申请中，洋洋洒洒地写下了长达九页感受，记录了一生追求入党的心路历程。
退休后的王仁洲，对现在的生活特别满足。他觉得：我这一生能够从事非常喜欢的教育工作，很开心，其他职业都不如当老师。我这一辈子工作不错，评了教授、当了副院长，实现了对人生的追求。而且国家对我们这一代不薄，我有个幸福的家庭，两个女儿都很懂事，妻子也很照顾我，小女儿在身边，在国外生活的大女儿几乎每年回来看望我们。如今这样衣食无忧的生活，我很知足了。近几年，几次回家乡看望过去的同学，更对自己青年时代的选择感到满意。
对如今这套地处方庄、1994年搬进来的95平米居室，他很感激：当时，我们赶上了应该是国家最后一批福利性质分房，学校无论在保定还是和北京的老教师们，加上工龄与教龄的计算，所花费的费用都还是可接受的。
人啊！经历过艰苦的生活，对物质的要求，就不会没有底线。
当然，对学校今天的发展，他也一直在深切地关注着：一个学校，要想培养合格的人才，不能培养死读书的书呆子。尤其是我们学校。要让学生结合专业，去动手搞些科研项目，要关注前沿科学发展，学会踏着前人的脚步，去开拓新的代表科学技术的领域。因此，学生应该刻苦学习，打好基础，你基础打得越扎实，以后才能有好的发展前景。
一位执着的有个性的知识分子，你把他放在教学岗位，放在学校的领导岗位，他都会选择坚持原则、坚守信念的工作作风，他一定也会冲破各种阻力，去实现理想化的工作目标。
王仁洲，用他童年时代缀满劳动的求学经历，用他青年时期锲而不舍的学习奋斗，用他在华电一生辛勤的教学、科研和管理，再加上一份聪慧和信念，向我们讲述了一个精彩奋斗的人生故事。